Цель создания НИИТТС - продвижение научно-исследовательских разработок выполняемых МИИТом в различные направления хозяйственной деятельности. Институт имеет научные центры:

Испытательный центр технических средств железнодорожного транспорта,

Объединенный научно-исследовательский центр «Перспективные технологии»,

Центр компетентности «Защита и безопасность информации»,

Научно-технический центр транспортных технологий,

Научно-учебный центр мостов и транспортных сооружений,

Испытательная лаборатория «Охрана труда и экологическая безопасность»,

а также научно-исследовательские лаборатории:

Микропроцессорные системы интервального регулирования движением поездов

Лаборатория «Защиты систем водо и теплоснабжения»